Abstract 1179: Global increase in ultraconserved non-coding RNA expression in pancreatic adenocarcinoma

Cancer Research cancerres.aacrjournals.org doi: 10.1158/1538­7445.AM2011­1179 Cancer Res April 15, 2011 71; 1179

Abstract 1179: Global increase in ultraconserved non­coding RNA expression in pancreatic adenocarcinoma 1

1

1

2

3

Ana Clara P. Azevedo , Jinmai Jiang , Eun Joo Lee , Yuriy Gusev , David Allard , 3

4

David A. Tuveson , George A. Calin , and Thomas D. Schmittgen +

1

Author Affiliations

Proceedings: AACR 102nd Annual Meeting 2011‐‐ Apr 2‐6, 2011; Orlando, FL

Abstract Transcribed  ultraconserved  regions  (T­UCRs)  are  a  class  of  482  non­coding  RNAs  with 100%  sequence  conservation  among  human,  rat  and  mouse  genomes.  T­UCRs  are differentially  expressed  in  colorectal  cancer,  leukemia  and  neuroblastoma,  however  their expression in pancreatic adenocarcinoma (PDAC) has not been studied. We used qPCR to profile  all  482  T­UCRs  in  a  variety  of  pancreatic  cancer  specimens  including  pancreatic adenocarcinoma,  chronic  pancreatitis  and  benign/normal  pancreas  and  in  the  pancreas  of genetically  engineered  mice  (P48+/Cre;LSL­KRAS G12D  and  PDX­1­Cre;LSL­KRAS G12D). Of  the  257  expressed  T­UCRs  in  the  human  pancreas  tissues,  166  were  differentially expressed in the PDAC compared to normal and adjacent benign pancreas (≥ 1.5 fold; p < 0.05). In the genetically engineered mice, 29% of the expressed T­UCRs were differentially expressed  in  the  pancreas  of  old  P48+/Cre;LSL­KRAS G12D  mice  (mean  age,  231  days) compared  to  control.  In  both  the  patient  and  mouse  data,  the  vast  majority  of  the differentially  expressed  T­UCRs  increased  with  disease  progression.  Interestingly,  the expression  pattern  among  groups  of  two  T­UCRs  closely  correlated  with  each  other.  This was  to  be  expected  for  T­UCRs  directly  adjacent  to  one  another  in  the  genome,  but surprisingly  we  found  strong  correlations  among  T­UCRs  that  are  located  on  different chromosomes.  This  suggests  that  large  groups  of  T­UCRs  are  co­expressed  in  PDAC.  In vitro  models  that  simulate  the  desmoplastic  reaction  have  been  shown  it  to  alter  gene expression in  PDAC.  In  an  effort  to  understand  the  mechanism  responsible  for  this  global increase  in  expression  in  PDAC,  the  T­UCRs  were  profiled  in  normal  pancreas  (HPDE) cells that were cultured on the extracellular matrix deposited by Panc­1 cells. Ninety­one T­ UCRs  were  increased  in  the  HPDE  co­cultures  (fold­change  >  1.5,  p