Diversidade funcional no R

Diversidade funcional no R Julia C. Sfair Atenção: o tutorial não substitui o estudo detalhado dos artigos e livros e do help das funções do R. Abrindo as planilhas Primeiro temos que abrir os arquivos de comunidade e de atributos. São duas planilhas, salvas em separado. Abrir um arquivo no R costuma ser uma fase mais crítica de todo o processo (ou seja, sempre dá errado). Há diversas formas de fazer isso e veja aquela que melhor serve para você. Uma observação importante é que a ordem das espécies na matriz de comunidade deve ser EXATAMENTE a mesma da ordem das espécies da matriz de atributos. Exato mesmo. E todas as espécies devem ocorrer em todas as comunidades A matriz de comunidade pode ter abundância, biomassa, densidade, ou apenas presença e ausência. Recomenda-se que a matriz de atributos contenha todos os atributos de todas as espécies. Mas quase nunca isso é possível e os índices de diversidade são calculados mesmo com "buracos" na planilha. Quando temos células vazias, a função dbFD as preenche com valor zero (que é diferente de não termos medido o atributo, mas é a única maneira de rodar as análises). Para evitar esse problema, meça o máximo possível de atributos de todas as espécies (leia: Májeková et al. 2016. Evaluating Functional diversity: Missing trait data and the importance of species abundance structure and data transformation. PLoS One 11, 1–17.) A matriz deve ser assim: - Matriz de comunidade: linhas são áreas e colunas são espécies - Matriz de atributos: linhas são espécies e colunas são atributos Caso queira treinar antes de trabalhar mesmo com seus dados, copie e cole a planilha abaixo em um bloco de notas e salve com o nome de: atributos.txt ,att1,att2,att3,att4,att5 sp1,0.4352678405,1635,78,0,0 sp2,0.2382994879,1787,60,1,0 sp3,0.2717972521,1870,10,0,0 sp4,0.8688782083,1970,3,0,0 sp5,0.508700568,1267,1,1,1 sp6,0.0628899401,1289,14,1,1 sp7,0.9809189707,1403,80,0,1 sp8,0.6005674757,1341,34,0,1 sp9,0.8469315232,1074,52,0,1 sp10,0.3766782864,1391,92,0,0 sp11,0.7835985981,1990,95,1,0 O mesmo para a planilha abaixo de comunidades (comunidades.txt): ,sp1,sp2,sp3,sp4,sp5,sp6,sp7,sp8,sp9,sp10,sp11 plot1,6,0,5,0,3,3,5,9,1,2,5 plot2,9,6,0,8,6,2,5,1,5,5,10 plot3,4,10,5,7,6,1,0,0,5,5,10 1

plot4,7,9,6,2,0,8,9,9,6,4,1 plot5,6,3,7,5,2,3,3,10,0,5,8 Abrindo a matriz de comunidade comm